A entrada para o aquário fica na mesma sala que vai dar na Baía de Jolly Roger (Jolly Roger Bay). Se Mario ficar de costas para o quadro e olhar pro outro lado da sala, ele vai encontrar dois buracos nas paredes. O buraco à direita de Mario conterá um Cogumelo 1-Up, enquanto o buraco da direita será a entrada do Aquário Secreto.
Quando descobri o Aquário Secreto pela primeira vez, me senti bastante emocionado devido ao nível de beleza desse lugar - e ao nível da água! Definitivamente, essa fase é a única onde a água está em toda a parte, e a única maneira de não virar comida de peixe é coletando a Estrela. Apesar do desespero, é um lugar lindo, charmoso, repleto de um extasiante ecossistema marítimo. Quem se lembra dessa fase, levanta a mão e prende a respiração!