Na nova trama de Go Chrono Stone, Tenma (o protagonista) retorna a sua cidade após ter participado de um torneio. O problema acontece quando o herói descobre que nenhum de seus amigos é jogador de futebol e que o clube de esportes da escola sequer existe. Nesse meio tempo, um membro da Team Protocol Omega afirma ter vindo do futuro para eliminar o futebol do mundo.
Quem revelou tais informações foi a conceituada revista CoroCoro, que além do anúncio do game e de uma breve descrição da trama, ainda revela dois novos personagens: Wonderbat, um ursinho androide, e o garoto do futuro chamado Fey. A publicação ainda revela que a caravana do jogo será uma maquina do tempo, que poderá inclusive se transformar.
Inazuma Eleven GO Chrono Stone terá junto de seu lançamento um novo mangá, publicado pela CoroCoro a partir de 14 de abril, além de um anime que será transmitido pela TV Tokyo a partir do dia 18 do mesmo mês.