Em entrevista ao site Kotaku, a Nintendo informou que os saves de jogos do Virtual Console do Wii não poderão ser utilizados pelo mesmo título no Wii U. A empresa afirmou que apesar de compartilhar o nome, os serviços não são os mesmos e funcionarão de forma diferente. As soluções para contornar o problema são: Aproveitar a retrocompatibilidade do Wii U com o Wii, jogar o título pela TV e utilizar seus saves ou baixar o jogo novamente por um preço mais baixo (US$ 1 por jogos do NES e US$ 1.50 pelos do SNES) para aqueles que transferirem o conteúdo entre os consoles e aproveitar as novas funcionalidades implementadas como a possibilidade de jogar apenas pelo GamePad, começando um jogo do zero.
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