Destiny Connect coloca o jogador na pele da jovem Sherry, que acaba se envolvendo com um estranho fenômeno na transição entre os anos 1999 e 2000. Enquanto assistia à queima de fogos do réveillon, a jovem vê os moradores da cidade de Clocknee subitamente paralisados e o avanço de uma horda de máquinas hostis. Junto com seu amigo Pegreo e o robô Isaac, Sherry precisa agora desvendar o mistério por trás do estranho evento para salvar Clocknee.
