Em Yoshi and the Mysterious Book, um livro falante chamado Mister Encyclopedia (apelido Mr. E) cai do céu e cabe a Yoshi entrar nas suas páginas para acessar o seu conteúdo e ajudá-lo. Conforme Yoshi explora as áreas, encontrará criaturas fantásticas e poderá desbloquear informações sobre elas que ficarão registradas no livro. No trailer de anúncio, também foram mostrados vários momentos de gameplay.
