Situado em 2072, System Shock conta a história de um hacker que é flagrado tentando roubar dados da estação espacial Citadel, propriedade da corporação TriOptimum. Edward Diego, um corrupto executivo da corporação, oferece perdão ao protagonista se ele hackear SHODAN, a I.A. da estação, para assim roubar dados de uma arma biológica. Assim, um efeito dominó acontece e SHODAN sai do controle, cabendo ao hacker impedí-la. A sequência, System Shock 2, já está disponível na eShop.
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